Thèse soutenue le 21 janvier 2016 pour obtenir le grade de docteur de la Communauté Université Grenoble Alpes - Spécialité : Physique Théorique

Résumé :
Afin de faciliter le séquençage des génomes, une troisième génération de systèmes de séquençage est nécessaire. La translocation de biomolécules est le phénomène clé mis en jeu dans l'optique d'un séquençage par nanopore. Nous nous sommes intéressé à ce phénomène avec une approche à la fois théorique et numérique. Dans le cadre de nos travaux, nous avons tout d'abord élaboré un modèle dit gros grain de polymère structuré (présentant une structure proche de celle de l'ADN) adapté à une étude par dynamique moléculaire. Après avoir vérifié la pertinence de notre modèle avec les lois de la physique statistique des polymères, nous nous sommes concentrés sur la translocation. Nous avons revisité le cas standard d'un nanopore au sein d'une membrane fixe et proposé un modèle théorique dans le cas de la traction du polymère. L'arrivée des membranes fines, clés du succès d'un éventuel séquençage non destructif par nanopore entraîne de nouvelles interactions avec la membrane qui n'ont pas encore été étudiées. Nous présentons la première étude numérique de grande ampleur sur ces interactions. Nos résultats permettent d'étudier l'influence des vibrations, de la déformabilité et de la flexibilité de la membrane.

Jury :
Président : M. Bertrand Fourcade
Rapporteur : M. Nicolas Destainville
Rapporteur : M. Enrico Carlon
Examinateur : M. Andrea Parmeggiani 
Directeur de thèse : M. Arnaud Buhot
Co-directeur de thèse : M. Stefano Mossa

Mots clés :
Numérique, Physique statistique

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