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Julia Fuchs

Étude Physico-chimique des puces à ADN : Stabilité du duplex d'ADN, détection des mutations ponctuelles et au-delà

Publié le 5 novembre 2009


Thèse soutenue le 05 novembre 2009 pour obtenir le grade de docteur de l'Université Joseph-Fourier de Grenoble - Spécialité : Physique pour les sciences du vivant

Résumé :
Le travail de cette thèse est axé autour de l'observation de la stabilité du duplexe de l'ADN. Exploitant un système de détection en temps réel basé sur le principe de l'imagerie par la résonance des plasmons de surface, nous utilisons des rampes de température pour mettre en évidence les interactions d'ADN sur une biopuce fonctionnalisée. Un premier travail porte ainsi sur une comparaison de chimies de greffages et l'influence du tampon sur la stabilité du duplex d'ADN. Notamment, la salinité du milieu et l'influence d'un dénaturant de l'ADN sont étudiés. Dans un deuxième temps, la méthode des rampes de température est appliquée à la détection des mutations ponctuelles sur des cibles d'ADN et ARN longues, issus de la polymerase chain reaction (PCR) ou la nucleic acid sequence based amplification (NASBA), respectivement. L'effet de compétition entre cibles mutées et l'hybridation à la surface est abordé. De plus, les structures secondaires en solutions peuvent changer la capture des cibles sur les sondes. La possibilité d'intégrer l'amplification dans un système de détection sur puce est démontrée pour la NASBA. Enfin, en collaboration avec le laboratoire des lésions d'acides nucléiques (LAN) au CEA Grenoble, une étude des interactions et de l'activité de protéines réparatrices sur l'ADN endommagé est présentée, profitant, de nouveau du choix flexible de la température.

Jury :
Président : M. Jacques Derouard
Rapporteur : M. Malcolm Buckle
Rapporteur : M. Joël Chopineau
Examinateur : M. Didier-Luc Brunet
Examinateur :  M. Jean-Charles Bres
Directeur de thèse : M. Roberto Calemczuk
Co-directeur de thèse : M. Arnaud Buhot

Mots clés :
Imagerie par résonance de plasmons de surface (SPRi), rampes de températures, mutation ponctuelle, poly-pyrrole, auto-assemblage de thiol, PCR, NASBA, lésions d'ADN, réparation par excision de base

Thèse en ligne.