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Sihem Bouguelia

Développement de biopuces dédiées à la détection de bactéries pathogènes à faibles taux

Publié le 12 octobre 2012


Thèse soutenue le 12 octobre 2012 pour obtenir le grade de docteur de l'Université Joseph-Fourier de Grenoble - Spécialité : Biotechnologies pour la santé / Pharmacie

Résumé :
Le protocole standard pour le diagnostic des bactéries dans le domaine médical et agro-alimentaire reste la culture microbienne, qui prend plusieurs jours pour identifier l'agent pathogène. Cependant, ces temps de latence ne sont pas compatibles avec l'urgence d'analyser rapidement la présence de bactéries pathogènes. Il y a un besoin croissant de vouloir développer de nouveaux outils pour identifier les bactéries pathogènes en un temps plus court. Afin d'atteindre cet objectif, la technologie de l'imagerie par Résonance des Plasmons de Surface (SPRi) a été utilisée avec succès pour la détection spécifique durant leur croissance des populations bactériennes en utilisant des protéines et/ou des anticorps comme molécule de bio reconnaissance des surfaces bactériennes. Ainsi, la détection spécifique de un à plusieurs milliers de pathogènes/ml peut être réalisé en quelques heures seulement. Dans le présent travail, plusieurs souches bactériennes ont été utilisées comme modèle : Streptococcus pneumoniae R6, Escherichia coli K12 ; ainsi que des agents pathogènes réels (Salmonella enteritidis) apportant la preuve que cette méthode peut être élargie à d'autres souches. Les résultats peuvent être quantitatifs par l'établissement d'une courbe d'étalonnage, permettant ainsi de remonter à la concentration initiale d'un échantillon contaminé. La stratégie développée au cours de ce travail se base sur le couplage simultané de la culture bactérienne et de la détection/identification spécifique, en utilisant l'imagerie SPR.

Jury :
Président : M. Emmanuel Drouet
Rapporteur : M. Bruno Le Pioufle
Rapporteur : M. Philippe Renaud
Membre : M. Thierry Livache
Membre : M. Yoann Roupioz
Invité : M. Abdelkader Boubetra
Directeur de thèse : M. Thierry Livache
Co-directeurs de thèse : Yoann Roupioz et Pascal Mailley

Mots clés :
Bactérie pathogène, Imagerie SPR, Biopuces, Diagnostic rapide, Suivi en temps réel, Quantification

Thèse en ligne.