Thèse soutenue le 25 octobre 2023 pour obtenir le grade de docteur de l'Université Grenoble Alpes - Spécialité : Chimie Biologie

Résumé :
Des pontages covalents entre des protéines et des brins d’ADN contenant un produit d’oxydation de la guanine, la 8-oxoguanine (OG), via l’oxydation spécifique de cette base ont été mis en évidence dans différents travaux. Ce projet vise à étudier si ce concept peut être appliqué à un aptamère contenant une OG afin de générer un adduit avec sa cible. Les aptamères sont de courts oligonucléotides simple-brin en série ARN ou ADN sélectionnés pour reconnaître avec une grande affinité et de manière spécifique une cible par le biais d'interactions à faible énergie. Ces éléments de reconnaissance présentent de nombreux avantages tels que la capacité de subir plusieurs dénaturations ou encore la facilité d’introduire des modifications dans leur séquence lors de leur synthèse chimique. Le système modèle choisi est un aptamère reconnaissant la L-argininamide. Trois bases guanine de cet aptamère, situées dans le site de reconnaissance, ont été remplacées une à la fois par une 8-oxoguanine. Des mesures d’anisotropie de fluorescence ont permis de démontrer qu'un tel remplacement peut entraîner une baisse ou une augmentation d’affinité pour la cible en fonction de la position de la base oxydée. Des analyses par électrophorèse capillaire et HPLC MS ont montré la formation efficace d’adduits entre les trois aptamères contenant une OG et la cible à la suite de l’oxydation de cette base par un sel d’iridium. La caractérisation des produits atteste que leurs structures sont des spiro et guanidino en accord avec la littérature. Enfin, différentes stratégies ont été mises en œuvre afin de tenter de réduire les interactions non-spécifiques existant entre l’aptamère poly anionique et la cible cationique.

Jury :
Président : Nicolas Spinelli
Rapporteure : Carole Chaix
Rapporteur : Vincent Noël
Examinatrice :  Natacha Gillet
Directeur de thèse : Jean-Luc Ravanat
Co-encadrante de thèse : Sandrine Perrier

Mots clés :
Aptamère, Pontage covalent, Oxydation spécifique, Électrophorèse capillaire, HPLC-MS

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